Em mais um tópico da coluna ‘Drops de Genômica’, o oncologista Andre Murad (foto) explica o que são sondas de DNA, sequências de nucleotídeos de fita simples usadas para detectar uma sequência de DNA complementar. Confira.
Por André Marcio Murad*
A capacidade de detectar os alelos que causam doenças genéticas como o câncer é crucial para as aplicações médicas da tecnologia do DNA. À primeira vista, porém, todo DNA parece igual: uma sequência dos nucleotídeos A (adenina), C (citosina), G (guanina) e T (timina). Com bilhões de nucleotídeos em uma única célula, como podemos pesquisar um genoma inteiro para encontrar exatamente a peça que precisamos identificar?
A resposta é uma sonda de DNA, uma sequência de nucleotídeos de fita simples usada para detectar uma sequência de DNA complementar. Uma sonda típica é uma fita curta e sintética de DNA marcada com um isótopo radioativo ou um marcador fluorescente.
Por exemplo, podemos construir uma sonda que seja complementar a parte de um alelo conhecido por estar associado a câncer. Uma região do DNA a ser testada é separada em fitas simples e imobilizada em uma superfície sólida. Se o DNA contém uma sequência de nucleotídeos complementar à sonda, então a sonda se liga a essa região. A radioatividade ou comprimento de onda emitido pela sonda revela a presença do alelo alterado.
Sondas de DNA
Uma sonda de DNA é uma fita marcada de DNA de fita simples que se liga a uma sequência alvo complementar.
Podemos exemplificar utilizando a ilustração abaixo, da montagem do DNA genômico na detecção de uma importante mutação do gene EGFR, utilizada no diagnóstico do câncer de pulmão de células não pequenas para indicação de terapia anti-EGFR. A sonda de DNA é projetada de forma complementar à sequência genômica alvo do EGFR (tipo mutante) e indica a ocorrência de mutação do EGFR e também a presença de células de câncer de pulmão.
a - A sequência alvo de tipo selvagem com incompatibilidade de um par de bases, incapaz de formar duplex de DNA com a sonda, implica a ausência de mutação de EGFR. A sequência genômica não complementar com a sonda é concebida como um oligo de controle.
b - Vemos as sequências de oligonucleotídeos para alvos sonda, mutantes, selvagens e não complementares. A sequência genômica em negrito indica o éxon onde ocorre a mutação do EGFR e a base do gene em itálico é a base responsável pela mutação.
*André Murad é diretor científico do Grupo Brasileiro de Oncologia de Precisão (GBOP), diretor clínico da Personal - Oncologia de Precisão e Personalizada, professor adjunto coordenador da Disciplina de Oncologia da Faculdade de Medicina da UFMG, e oncologista e oncogeneticista da CETTRO Oncologia (DF)
